Szczepan Aleksander Pieniążek urodził się w 1913 roku, w rodzinie wiejskiej, w miejscowości Słup k. Garwolina na Podlasiu. Po ukończeniu szkoły podstawowej otrzymał gruntowne wykształcenie w Wyższym Gimnazjum w Siedlcach, a następnie w Seminarium Duchownym w Janowie Podlaskim.
W 1933 roku rozpoczął studia na Uniwersytecie Warszawskim na wydziale matematyczno-przyrodniczym ze specjalizacją w botanice, które ukończył ze stopniem magistra filozofii. We wrześniu 1938 r. uzyskał stypendium Rządu Polskiego na podjęcie studiów pomologicznych w USA, na Uniwersytecie Cornella. Tam rozpoczął studia doktoranckie z zakresu przechowywania jabłek pod kierunkiem znanego w USA profesora dr. R.M. Smocka. Tytuł doktora uzyskał w 1942 roku. Planował 3-letni pobyt w celu uzyskania stopnia doktora, ale II wojna światowa uniemożliwiła Mu powrót do kraju. W 1939 roku poślubił Janinę Praską, koleżankę ze studiów w Warszawie, która również przyjechała na studia do USA. Po uzyskaniu tytułu doktora Szczepan Pieniążek podjął pracę w charakterze adiunkt w Katedrze Ogrodnictwa na Uniwersytecie Stanowym Rhode Island. Wrócił do kraju wraz z żoną i córką w 1946 roku, pierwszym statkiem, jaki odpłynął po wojnie z USA do Gdyni.
Po powrocie, jako profesor nadzwyczajny, objął kierownictwo Katedry Sadownictwa w SGGW. Kierował nią do roku 1968, kiedy to całkowicie poświęcił się Instytutowi Sadownictwa.Dzięki osobistym kontaktom prof. Szczepana Pieniążka i jego przyjaznej ludziom postawie Instytut od początku swego istnienia utrzymywał żywy kontakt z nauką światową, co w pozostałych krajach bloku socjalistycznego nie było spotykane. Już w 1947 roku Profesor Pieniążek nawiązał kontakt z Kościołem Braci (Church of the Brethren) w USA (organizacją pomagającą wówczas zniszczonej wojną Europie)i przy jej pomocy wysłał na staż do Stanów Zjednoczonych 10 absolwentów SGGW. W latach pięćdziesiątych wymiana stażystów została przerwana z przyczyn politycznych, lecz Profesor wznowił ją w roku 1957 i rozwinąłdo nieprawdopodobnych, jak na owe czasy rozmiarów. Dzięki tej współpracy wyjechało na staże do USA ponad 1100 ogrodników i rolników, w większości absolwentów wyższych uczelni, w tym 1/4 pracowników Instytutu.
Uczony, biolog i sadownik, dobrze znany i wysoko ceniony we wszystkich światowych ośrodkach nauki sadowniczej, profesor Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, twórca i wieloletni dyrektor Instytutu Sadownictwa i Kwiaciarstwa w Skierniewicach, wychowawca kilku pokoleń sadowników i naukowców tego Instytutu, inspirator nowoczesnego sadownictwa w Polsce, członek prezydium i wiceprezes Polskiej Akademii Nauk, przewodniczący Wydziału Nauk Rolniczych PAN, pierwszy przewodniczący Komitetu Nauk Ogrodniczych PAN, członek Francuskiej, Niemieckiej, Bułgarskiej i Rosyjskiej Akademii Nauk, członek i przewodniczący Międzynarodowego Towarzystwa Nauk Ogrodniczych, organizator Kongresu Ogrodniczego w Polsce w 1974 roku, honorowy członek tego Towarzystwa, honorowy członek wielu innych organizacji naukowych, organizator szerokiej wymiany pracowników naukowych z USA i z innymi krajami, wyróżniony tytułem doktora honoris causa Uniwersytetu w Bonn, SGGW w Warszawie, Akademii Rolniczej w Szczecinie i Krakowie, laureat Krzyża Komandorskiego Orderu Odrodzenia Polski i Krzyża Komandorskiego z Gwiazdą oraz wielu innych wyróżnień naukowych, odznaczeń polskich i zagranicznych. W społeczeństwie polskim Profesor Szczepan Pieniążek cieszył się ogromną popularnością. Wielokrotnie Skierniewice określano żartobliwie „Pieniążkowo”.